استفاده بیش از حد از انواع کود فسفر بالا، علاوه بر اینکه موجب بروز عوارض متعددی در محیط زیست می شود، می تواند سلامت گیاه را نیز به خطر بیندازد. از جمله عوارضی که ممکن است رخ دهد، عبارتند از:

بروز علائم ظاهری در گیاه: مهمترین نشانه استفاده بیش از حد از انواع کودهای فسفر بالا، بروز عوارض ظاهری از جمله تیره و پررنگ تر شدن برگ ها و سوختگی حاشیه یا نوک برگ ها است. علاوه بر این، وجود فسفر بیش از حد مورد نیاز گیاه، تاثیر معکوس خواهد داشت و موجب کاهش تعداد و کیفیت گل ها و میوه های گیاه نیز می شود.
کاهش بهره وری و رشد گیاه: در پی استفاده بیش از حد از کود فسفر بالا، فسفر موجود در خاک افزایش می یابد. این امر از یک سو، موجب کاهش رشد ریشه گیاه و از سوی دیگر، موجب بر هم خوردن تعادل مواد مغذی خاک می شود. در نتیجه، توانایی گیاه در جذب آب و سایر مواد مغذی موجود در خاک مانند روی، آهن و منگنز، کاهش خواهد یافت؛ که می تواند منجر به کاهش محصولات زراعی نیز شود.
شوری خاک و آلودگی آب ها: عارضه دیگری که در پی استفاده بیش از حد از کود فسفر بالا می تواند رخ دهد، تجمع نمک ها در خاک و در نتیجه شور شدن و غیر قابل کشت شدن خاک است. این عامل می تواند تعادل میکروارگانیسم های مفید خاک را بر هم زده و در نتیجه فرایند تجزیه و تبدیل مواد آلی خاک را مختل نماید.
علاوه بر این، ممکن است استفاده بیش از حد انواع کودهای فسفر بالا، موجب نفوذ فسفر مازاد موجود در خاک به آب های زیرزمینی یا سطحی شود. در نتیجه پدیده یوتریفیکاسیون یا رشد بیش از حد جلبک و گیاهان آبزی رخ دهد. رشد بیش از حد این گیاهان موجب کاهش اکسیژن آب و در نتیجه افزایش مرگ و میر آبزیان می شود.